בגבולות מסוימים, נוכחות מדי פעם של קצף בשתן היא מאפיין אופייני לנוזל זה, המיוצר על ידי פעילות הסינון של הכליה במטרה לחסל את הפסולת המטבולית המסתובבת בדם. ניתן לשפר תכונה זו על ידי שאריות חומרי ניקוי על משטחי האסלה.
אם קיים, הקצף בשתן צריך להיות מורכב מבועות גדולות, שנעלמות במהירות; בועות קטנות ומתמשכות יותר, בדומה לאלו של בירה, הן במקום סימן לפתולוגיות שונות המשפיעות, בעיקר על הכליה. שתן מוקצף קשור למעשה לפרוטאינוריה (חלבון המצוי בשתן) אשר קשורה - בתורו - למחלות כמו אי ספיקת כליות ולב, יתר לחץ דם חמור או סוכרת.מערכת הסינון הכליות עלולה להיפגע גם ממחלות אחרות, כגון זאבת מערכתית, מחלות כבד כרוניות או מחלות זיהומיות. בגלל נזקים אלה, החלבונים - הנשמרים בדרך כלל - נשפכים בכמויות משתנות בשתן, וכתוצאה מכך נוצרים קצף. בין הכל, אלבומין הוא חלק החלבון שהוא הכי הרבה אבוד (אלבומינוריה).
התהליכים החולניים האחראים לפרוטאינוריה מלווים לרוב גם בצקת, קרי הצטברות נוזלים בחללים הביניים, בעקבות הירידה בלחץ האונקוטי של הפלזמה.
בדומה לפרוטאינוריה, הצטברות מלחי מרה (כולורוריה) קשורה בדרך כלל לשתן מוקצף (עם קצף צהבהב וצבע כהה). מחלות העלולות לגרום לצ'לורוריה הן אלה החוסמות את דרכי המרה, כגון אבנים בכיס המרה.
לבסוף, אובדן כמויות חלבון קטנות מאוד בשתן שכיח בעקבות עודפי תזונה עתירת חלבונים, במיוחד פעילות גופנית כבדה או במהלך ההריון.