ריח השתן של נבדק בריא ומיובש היטב הוא בדרך כלל "sui generis" וככזה ללא ריחות רעים. למעשה אנו מדברים על נוזל אספטי בדרך כלל, המכיל ריכוזים משתנים של חומרי פסולת בהתאם לתזונה, לבריאות המדינה ול לחות וצריכה של תרופות כלשהן.
ריח רע בשתן יכול אפוא להיות סימן למצבים פתולוגיים, אך לא בהכרח.
(כי המומסים האחראים לריח רע מגבירים את ריכוזם; השתן מקבל אפוא צבע כהה במיוחד וארומה אופיינית של אמוניה);
דלקת שלפוחית השתן, דלקות שתן, פיאלונפריטיס (דלקות בכליות), דלקת השתן, דלקת הערמונית ודלקת הנרתיק (במקרה זה ייתכן שהבעיה אינה קשורה בדרכי השתן, בהתחשב בקרבה האנטומית - למידע נוסף ראה: ריח בנרתיק);
כשל בכבד;
קטואסידוזיס סוכרתית וקטונוריה (אופיינית גם לצום ממושך, מלווה בשתן בשפע עם ריח מתקתק, בדומה לאצטון);
פיסטולה רקטווגינלית;
פנילקטונוריה (מחלה נדירה המופיעה מלידה);
נטילת תוספי ויטמין B-6
הפרעות מטבוליות;
מחלת שתן סירופ מייפל (נדירה);
Trimethylaminuria או תסמונת ריח דגי (נדיר);
תרופות מסוימות יכולות גם לשנות את ריח השתן, כולל כמה אנטיביוטיקה כגון אמוקסיצילין, אמפיצילין, ניטרופורנטואין, ציפרלקס, נורפלוקסצין, אופלוקסצין וטרימטופרים.
ניתן לחקור את הסיבות לריח שתן רע באמצעות ניתוח שתן פשוט ותרבות (כדי לחפש כל זיהום חיידקי).
