ה- pH של הצואה הוא בדרך כלל ניטרלי או מעט בסיסי (6.8 - 7.5). צואה חומצית יותר, פיזיולוגית רק אצל הילוד, עשויה להצביע על דלקות מעיים (Escherichia coli, Rotavirus) או הפרעות עיכול, כגון לקטוז או אי סבילות לשומן (סטטורה בשל אי ספיקת לבלב או קיפאון במרה).
אם ה- pH של הצואה נוטה לעלות בנוכחות דיסביוזיס מזיק, הוא נוטה לרדת בנוכחות דיסביוזה תסיסה, שסיבותיה נמצאות בבליעה מוגזמת של פחמימות או בספיגה גרועה של אותה ( צליאק). אפילו בנוכחות "צריכת שומנים בשפע, בדיאטות צמחוניות ובצום ממושך, ה- pH של הצואה הופך לחומצי.
כדי להימנע מעיוות תוצאות הבדיקה, אסור שהשרפרף יהיה מזוהם בשתן ויש לקרר אותו במהירות כדי למנוע אמוניה בשתן וחיידקים מזיקים להפוך את ה- pH הצואה לבסיסי.
