כ -50,000 מולקולות חלבון שונות מוכרות בגוף האדם, שתפקידן נקבע על פי רצף חומצות האמינו שלהן. באמצעות סדרה שלמה של תגובות הגוף שלנו מסוגל לסנתט באופן אוטונומי את החלבונים הדרושים לו החל מחומצות האמינו הבודדות הכלולות במזון. מכיוון שחלבונים גדולים מכדי להיספג ככאלה ולהועבר למחזור הדם, כמה אנזימים הנמצאים בלומן של מערכת העיכול מתערבים בעיכולם על ידי פירוקם לחומצות אמינו בודדות.
רוב החלבונים מצטמצמים לחלוטין בחומצות האמינו הבודדות. העיכול של מקרומולקולות אלה מתחיל בבטן, שם הפעולה המשולבת של פפסינוגן וחומצה הידרוכלורית מובילה להיווצרות של אוליגופפטידים (שרשראות קצרות של חומצות אמינו הנוצרות על ידי פחות מעשר יחידות).
חומצה הידרוכלורית, בנוסף להפיכת הפפסינוגן לפפסין, הורסת חלק גדול מעומס החיידקים, מעודדת ספיגה של ברזל וסינתזה של מיץ אנטרי, מרה, ביקרבונט ואנזימים בלבלב. הפרשת הקיבה מושפעת מגורמים עצביים (ריח, טעם מזון והתניה), מכני (התרחבות דפנות הקיבה), כימיים (נוכחות של אוליגופפטידים) וגורמים הורמונליים (גסטרין).
עיכול החלבונים מושלם על ידי פרוטאזות מעיים ממוצא הלבלב (שנשפכות לתריסריון) ומיוצרות על ידי קרום אותו המעי (מונחות על גבול המברשת). מסיבה זו, עיכול החלבון תקין גם לאחר הסרה כירורגית של הקיבה. .
פרוטאזות מתחלקות לאנדופרוטאזות (הידרוליזה של קשרי הפפטיד בתוך החלבונים: כימוטריפסין, אלסטאז, טריפסין) ואקסופפטידאזות (הידרוליזה של חומצת האמינו הסופנית של החלבון: קרבוקסיפפטידאז, אמינופפטידאז, דיפפטידאז).
ברמת המעיים, עיכול החלבונים הושלם וניתן לספוג ולהעביר את הכבד על ידי נשאים ספציפיים לחומצות האמינו הבודדות, דיפפטידים וטריפפטידים.
כמות קטנה של חלבון הנמצאת במזון אינה נספגת ומתבטלת ככזו עם הצואה (5%). חלק מהפפטידים הנוצרים על ידי יותר משלוש חומצות אמינו נספגים על ידי טרנציטוזיס וככאלה יכולים לייצג גורם משמעותי להתפתחות אלרגיות וחוסר סובלנות למזון.
רק אצל התינוק ניתן לספוג חלבונים שלמים, שאינם מתעכלים.תופעה זו הינה בסיסית לספיגת נוגדנים המועברים דרך חלב אם.
, בהעברת דחפים עצביים, בייצור אנרגיה וכזרזים בתהליכים מטבוליים רבים)
- עיכול חלבונים הוא תהליך תובעני שמאמץ את הגוף. צריכת חלבונים מוגזמת גורמת לכן ללחץ מיותר ומסוכן על הכבד והכליות.
- צריכת כמויות גדולות של חלבון בתזונה אינה כשלעצמה מקדמת ירידה במשקל או עלייה במסת השריר
- אם צריכה זו מתרחשת בהקשר עתיר קלוריות, בהכרח תהיה עלייה בהצטברות השומן
- אם תתבצע דיאטה דלת קלוריות וחלבון, חלק מחומצות האמינו האישיות יומר לגלוקוז; השפעות ההרזיה יהיו טובות (תרמוגנזה מוגברת ותחושת שובע) אך בטווח הארוך צריכה מוגזמת של חלבון תגרום לבעיות רבות עבור האורגניזם (אוסטאופורוזיס, ירידה בהגנה החיסונית, קטוזיס, בעיות במערכת העיכול והתייבשות).
- ניתן ליטול הורמוני חלבון (או פפטיד) כגון IGF-1 והורמון גדילה (סומטוטרופין או GH) רק בצורה הניתנת להזרקה. אם הם היו נבלעים, גופנו היה מתייחס אליהם כמו כל מולקולת חלבון אחרת, מפרק אותם לחומצות אמינו בודדות או מסלק אותם בצואה (שרשראות ארוכות מ -4 AA לא יכולות להיספג ככאלה וצריך לצמצם אותן קודם לכן לשרשראות קטנות יותר) .
- נטילת כמויות גדולות של חומצת אמינו אחת מעכבת את הובלת חומצות אמינו אחרות על ידי רוויה של המוביל הנפוץ. גם מסיבה זו די אופטימי לקוות שצריכה מסיבית של חומצת אמינו מסוימת יכולה לעודד אנבוליזם של השרירים.