שקדים מרים הם הזרע של פרונוס אמיגדלוס var. amara D.C, עץ קטן השייך למשפחת Rosaceae. טעמם המר של השקדים הללו קשור במידה רבה לנוכחות האמיגדלין (2-4%), גלוקוזיד ציאנוגני אשר על ידי הידרוליזה מעורר חומצה פרוסית, הידועה יותר בשם מימן ציאניד. ההידרוליזה מתרחשת הודות לנוכחותו של אנזים, הנקרא אמולסין, הנמצא בתוך השקדים המרים עצמם, אשר מפרק את האמיגדלין לבנזאלדהיד, גלוקוז ומימן ציאניד. אותו תהליך מתרחש במעי, הודות לאנזימי B- גליקוסידאז. המיוצר על ידי צמחיית המעיים, אשר הופכים את השקדים המרים לפיכך לרעל פוטנציאלי ומסוכן לאדם.
לפיכך, בליעה של מספר קטן של שקדים מרים יכולה להיות קטלנית: ההערכה היא ש 6-10 זרעים מספיקים כדי לגרום להרעלה קטלנית אצל הילד, בעוד שאצל מבוגר המינון הקטלני הוא סביב 50-60 יחידות., טעם מריר במידה ניכרת של השקדים הללו, היחסיים לתכולת האמיגדלין שלהם, מרתיע מאוד את צריכתם. סימפטומים של הרעלת מימן ציאניד כוללים כאבי ראש, הקאות, בלבול, תדירות מוגברת ועומק נשימות, אובדן הכרה, התקפים.
מבחינה ויזואלית ניתן להבחין בין שקד מריר לשקד מתוק על בסיסו הרחב יותר ואורכו הקצר יותר.
תכולת השומנים העשירה של הזרעים מאפשרת לחלץ שמן המשמש בבושם וקוסמטיקה (לייצור סבונים) משקדים מרים, לאחר תיקון להסרת חומצה הידרוציאנית. שלא כמו של שקדים מתוקים, בעלי תכונות משלשלות (20- 30 מ"ל), שמן השקדים המריר אינו משמש באופן פנימי למטרות רפואיות, גם אם לאחר תיקון ניתן להשתמש בו במאפה. כך גם מבחינה חיצונית, כאשר במקום זאת נעשה שימוש נרחב יותר בשמן השקדים המתוק, בעל תכונות המרגיעות, המזינות והגירוד.
שקדים מרים ואמיגדלין נטולי כל שימוש רפואי, אם כי מאמרים וקבוצות התומכים בפעילות האנטי -סרטנית של האמיגדלין פופולריים באינטרנט; בהקשר זה עיין במאמר המעמיק שלנו על הקשר בין אמיגדלין, שקדים מרים וגידולים.