ישנם מסלולים מטבוליים מסוימים שניתן להגדיר לזיהוי בניית מולקולות ספציפיות.
מסלול חומצה סכימית: מסלול מטבולי משני שיש לו חומצה סכימית כמבשר שלו, מולקולה המכילה בתוכה את אותם מאפיינים מבניים וכימיים שניתן למצוא במטבוליטים המשניים שמקורם בה.
מולקולת החומצה הסכימית מורכבת מ: טבעת בעלת 6 חלקים, קבוצה קרבוקסילית אחת ו -3 קבוצות הידרוקסיל.אותה אדריכלות מולקולרית זו ניתן למצוא במטבוליטים המשניים שמקורם בה, ואשר נקראים למעשה נגזרות של החומצה. סכימית. חומצה סכימית נובעת מאיחוד של שני ביניים של שני מסלולים מטבוליים ראשוניים שונים:
erythrosium-4-phosphate (3C): ביניים של השלב האפל של הפוטוסינתזה, תהליך מטבולי אנאבולי;
חומצה פוספנול -פירובית (3C): ביניים של גליקוליזה, תהליך חילוף חומרים קטבולי;
לכן, erythrosium-4-phosphate + phosphoenolpyruvic acid = חומצה סכימית: מבשר ראשון של מסלולים מטבוליים משניים.
התא מסנתז את החומצה הסכימית כאשר הצרכים הם כאלה לאפשר זאת, או כאשר הכמויות של שני הביניים העיקריות הן כה רבות וכאלו שהם יכולים להצטבר; זה קורה כשיש כמות מספקת של ATP בתא וזה מאט את התגובות של קטבוליזם ואנבוליזם ראשוניים.
נתיב החומצה המלונית והמבלונית: שני המבשרים נובעים ממולקולה של אצטיל CoA, ולכן שניהם עומדים בבסיס נתיב יחיד: מסלול האצטט. חילוף החומרים העיקרי של התא.
קבוצת אצטט (קבוצה עם שני אטומי פחמן) + CoA (קואנזים A) = אצטיל CoA: מולקולה השייכת למטבוליזם העיקרי, המשמשת כאבן בניין ביולוגית בבניית מטבוליטים משניים.
מסלול האצטט נבדל אז על ידי מסלול החומצה המלונית ומסלול החומצה המלונית. קואנזים A פועל כהובלה של שתי היחידות הפחמיות מהציטופלזמה אל המיטוכונדריה של התא, שם מתרחש מחזור הקרבס. פחמן מועבר במקום אחר במקרה של עודף אנרגיה ויכולים להוות את המטבוליטים המשניים המגוונים ביותר; לאלה יש מספר זוגי של אטומי פחמן כמאפיין משותף, כולל חומצה מאלונית (C4) ומוולונית (C6).
לכן המסלולים המטבוליים של חומצה סכימית ואצטט הם בעלי ארכיטקטורה מולקולרית מדויקת, המאפשרת לנו לזהות בקלות את הנגזרות המשניות שלהם. ל ה אלקלואידים, שיש להם ארכיטקטורות מגוונות, הזיהוי של המבשר אינו קל כל כך; במילים אחרות, לא כל כך קל לסווג את הקטגוריות היחידות של אלקלואידים, להתחקות אחר כל אחת למבשר אחד. לאלקלואידים, למעשה, יש יותר מאחד מבשר, מכיוון שהם נובעים מחומצות אמינו (תרכובות חנקן ראשיות, שבהן התא משתמש לייצור מולקולות חנקן משניות). מטבוליטים החנקן המשניים הם בעיקר אלקלואידים, אך ישנן גם מולקולות אחרות בעלות פרופיל בריאותי נמוך מזה שלהן, כגון ציאנוגנית. גליקוזידים (הכלולים בשקדים מרים) ו- β-ציאנו (פיגמנטים) חומצות אמינו הן תרכובות חנקניות המתגוונות זו מזו ומגוון זה משקף את הגיוון של הנגזרות הישירות שלהן, שהן האלקלואידים.
היסוד הכימי היחיד המאחד את הקטגוריות השונות של אלקלואידים הוא אטום חנקן המוקף בטבעת הטרוציקלית, או לפחות אטום חנקן עם כפיל אלקטרונים חופשי המעניק להם תכונות בסיסיות; אותה תגובתיות בסיסית המאפשרת לנו לחלץ את האלקלואידים הבודדים. על ידי עקירה.
נוכל לסכם זאת בכך שאנו אומרים זאת מסלול הפחמימות הוא המסלול המטבולי שעומד בבסיס הסינתזה של כל המטבוליטים המשניים, לכן הוא כולל את כל המסלולים המטבוליים שנראו בעבר:
- אצטט הוא תוצר של הריסה מלאה של מולקולת הגלוקוז;
- חומצות אמינו נובעות מתהליכים מטבוליים של פירוק פחמימות;
- חומצה סכימית היא מבשרת מטבוליטים משניים, אך גם חומצות אמינו ארומטיות (פנילאלנין, טריפטופן וטירוזין);
הגליקוזיד הוא מטבוליט משני המורכב מסוכר בתוספת יחידה שאינה סוכר, הנקראת אגליקון, הנובעת מן הסתם מאחד המסלולים המטבוליים המסוכמים.
כל אבני הבניין הביוגנטיות שממנה יוצאים מטבוליטים משניים נובעים הן מהקטבוליזם של הפחמימות והן מהאנבוליזם שלהם. סוכרים אלה הם אותן יחידות סוכר שפעם נקשרו לאגליקון מהוות את הגליקוזידים.
המסלול המטבולי של אצטט מחולק לעץ ביוגנטי צפוף, המכיל את כל שמות המטבוליטים המשניים שאליהם הוא מוליד. שונים, בהתאם לצרכי התא עצמו:
- מחזור קרבס עם ייצור סופי של ATP (חילוף חומרים ראשוני);
- חמצון β וסינתזה של חומצות שומן (חילוף חומרים ראשוני);
- סינתזה של חומצה מאלונית או מאלונית (4C), הנובעת מהאיחוד של שתי מולקולות אצטט, ושל חומצה mevalonate או mevalonic (6C) הנובעות מאיחוד שלוש מולקולות אצטט. התא משתמש בשתי מולקולות אלה עם מספר זוגי של אטומי פחמן כדי לבנות קטגוריות מולקולריות שונות, המורכבות משרשראות לינאריות של יחידות פחמימנים, כגון: חומצות שומן - המשמשות בתורן לייצור גליצרידים ושעווה - טרפנואידים, אנתרקינונים וסטרואידים.
מאמרים נוספים בנושא "ביוגנזה ומאפיינים של החומרים הפעילים"
- חילוף חומרים ראשוני וחילוף חומרים משני של צמח
- פרמקוגנוזיה
- מסלול מטבולי של חומצה סכימית